在使用凍干機時，根據具體的樣品，凍干的方式亦有不同選擇。常見的實驗室凍干實驗均采取的是ProcessB方式，即在凍干腔內凍干或者掛瓶凍干，如果是凍干腔凍干即需要選購凍干腔，需要做西林瓶凍干還要選擇壓蓋裝置；如果是掛瓶凍干，則要選擇多歧管，適用于圓底燒瓶，寬口濾瓶或安瓿瓶，但要注意是否需要選擇相應的適配器來結合使用；如果用戶試驗中涉及的樣品既有腔內凍干，也有外掛瓶凍干的則可以選擇帶外掛口的凍干腔。

　　總的來說，對于食品、中草藥、粉末材料等樣品凍干一般建議采用擱板型冷凍干燥機；而對于西林瓶操作則必須要選擇帶壓蓋裝置的冷凍干燥機；微生物菌種凍干保存建議采用掛瓶式并一定要選擇安瓿瓶適配器來凍干；如果要做凍干工藝曲線研究的則一定要選擇控制器可支持共晶點測試裝置和軟件等工作的機型。

　　小型凍干機自動裝料和卸料系統的控制一般是使用可編程邏輯器來控制，并帶有數據控制和數據獲取系統。小型凍干機自動裝料和卸料系統和小型凍干機之間一般是采用數據總線或以太網來傳輸的，人機界面應是標準的主控制途徑。能大限度的減少制品的污染，并且有效的控制生產的成本。系統有三種不同的上料形式，從長遠的角度來考慮，這是一個能使生產更快捷、更的解決方案。

　　小型凍干機使用注意事項：
　　一、預凍階段（只開制冷機）
　　1、液體樣品厚度小于1cm；
　　2、冷阱溫度必須低于樣品的共晶點溫度；
　　3、必須保證液體樣品中的液態水分全部凍成冰晶（可適度延長預凍時間保證預凍成功）。

　　二、冷凍干燥機抽真空階段（制冷機和真空泵一直開著）
　　1、預凍后的樣品在真空狀態下若有起泡現象，必須重新預凍樣品；
　　2、開啟真空泵后注意觀察真空度能否達到50pa以下，以及真空度的下降速度；
　　3、若有漏氣現象，真空度很難下降，就需要找原因：真空管道兩頭是否擰緊，凍干罩是否閉合，放氣閥是否關閉；
　　4、真空泵內的泵油需要定期更換，次換油在真空泵運行300個小時后更換，以后可根據真空度的下降速度和極限值來確定換油時間；
　　5、干燥結束前先放氣，再關真空泵；
　　6、水分升華后，會在冷阱內壁凝結成冰霜，干燥結束后等待冰霜自然融化后，會通過放水閥流出來，并將冷阱內壁擦拭干凈，保持冷阱內干燥整潔。